Дата первого задержания – 11 февраля 2006 года, сразу после акции мурманских нацболов против тогдашнего министра обороны и возможного «преемника» Сергея Иванова. 17 марта того же года Руслан Хубаев был задержан повторно. По месту жительства был произведён обыск. При задержании сотрудники РУБОП «нашли» у Руслана в кармане пакет с наркотиками. Кроме того, сотрудник ФСБ дал показания, что Хубаев снабжает его наркотиками. Задержанию предшествовала многомесячная кампания в подконтрольных мурманским властям газетах, где Руслана Хубаева называли «растлителем малолетних» и «наркоманом».
29 августа 2006 года в 18-00 руководитель Мурманской организации НБП Руслан Хубаев вышел на свободу. Он был выпущен под залог.
29 сентября 2006 в Петрозаводске сотрудниками ФСБ Руслан Хубаев был снят с поезда на Москву. В тот же день состоялся суд, который заменил ему меру пресечения. Хубаев снова оказался в СИЗО.
Приговор был вынесен 30 марта 2007 г. Октябрьским районным судом г. Мурманска – 4,5 года строгого режима.
31 мая 2007 г. состоялся суд по кассационной жалобе. В кассационной жалобе было отказано.
Суд проигнорировал расхождения в показаниях свидетелей обвинения, фальсификацию доказательств и экспертиз.
Руслан Хубаев вины не признает.
В своем последнем слове утверждал, что невиновен, дело против него сфабриковано, показания свидетелей противоречат друг другу. Также, по его словам, результаты фонетической экспертизы и видеосъемок опровергают доводы обвинения. Обвинение строится целиком на показаниях сотрудников ФСБ и ОБНОН УБОП.
Находился в колонии ФГУ ИК-17 СУС, ул. Угольная, д. 9, г. Мурманск.
В феврале 2008 года в СМИ появилось сообщение о том, что Руслан Хубаев выступил с протестом против незаконных действий администрации колонии и в наказание за это был помещен в ШИЗО (http://hroniki.info/?page=news&id=422).