Генеральная прокуратура обвинила Николая Лубенца в превышении служебных полномочий в рамках дела ЮКОСа. По версии следствия, Николай Лубенец, будучи мэром закрытого города Трехгорного, превысил должностные полномочия и незаконно предоставил налоговые льготы нефтедобывающим и перерабатывающим организациям, принадлежавшим компании «ЮКОС», зарегистрированным в ЗАТО в 1999 и 2000 годах. В результате этих действий в бюджеты всех уровней не поступили налоги на сумму более шести миллиардов. Таким образом, по версии следствия, Лубенец помог обогатиться «группе лиц в составе Михаила Ходорковского, Платона Лебедева».
Суть обвинений прокуратуры сводится к тому, что Николай Лубенец делал налоговые послабления пяти «дочкам» ЮКОСа (ООО «Грейс», ООО «Мускрон» ООО «Фландер» и другим). Однако эти предприятия не занимались хранением, транспортировкой и сбытом нефти на территории Трехгорного. То есть, по версии следствия, фирмы регистировались с одной целью — сэкономить на налогах. А это, как известно, явилось одной из основных причин уголовного дела против руководителей ЮКОСа.
Защита в ходе процесса настаивала, что на основании Федерального закона «О ЗАТО», принятого в 1992 году и действовавшего с внесенными впоследствии изменениями до 1999 года, все налоги предприятий, зарегистрированных на территории ЗАТО, идут в местный бюджет. При этом организациям устанавливался один постоянный платеж, который они, как правило, должны были вносить независимо от результатов своей финансово-хозяйственной деятельности. С каждым из них заключалось соглашение, которое определяло размер льгот по налогам.
Как заявляли многочисленные свидетели по делу, все решения Николай Лубенец принимал не самостоятельно, а на основании решения Совета депутатов. Глава же города строго следовал действовавшему на тот момент законодательству, как федеральному, так и местному. Во-вторых, никакого ущерба бюджету города причинено не было. Вся деятельность компаний, которым были представлены льготы, неоднократно проверялась налоговой полицией и инспекцией, а также прокуратурой. Не раз изучалась и законность действий администрации города. Никаких существенных нарушений действующего законодательства налоговики не выявили.
06.05.2005 — Челябинский областной суд удовлетворил представление Генпрокуратуры РФ и дал заключение о наличии в действиях депутата Заксобрания Челябинской области Лубенца признаков преступлений, предусмотренных п."в" ч.3 ст.286 УК РФ «Превышение должностных полномочий».
27.06.2005 — Верховный Суд России своим определением указанное заключение оставил в силе.
01.11.2006 — Генеральная прокуратура направила дело Николая Лубенца в суд.
16 июля 2007 года Николай Лубенец был приговорен к четырем годам лишения свободы условно по обвинению в превышении служебных полномочий. Кроме того, суд лишил его права занимать административные должности в органах государственной и муниципальной власти в течение двух лет.
Выйдя из зала суда, Николай Лубенец в блиц-интервью заявил, что не признает себя виновным и что действовал исключительно в интересах государства и жителей Трехгорного. Оценивая ситуацию, экс-мэр неоднократно заявлял, что по сути стал заложником непростой политической ситуации, сложившейся в стране в 90-х годах. «Я никогда не был сотрудником ОАО НК «ЮКОС» и ничего не совершал в интересах компании. Только благодаря достаточному бюджету (впоследствии и бездотационному, когда привлекли иногородних налогоплательщиков на законных основаниях) стало возможным сохранить город и градообразующее предприятие, дать людям возможность сносно жить, уберечь государство от утечки ценнейшего научно-технического потенциала», — заявлял на суде Лубенец.
